Консультант-методолог по бухгалтерскому учету

Вопрос о правильности отражения имущественного вычета

Просим Вас помочь нам в следующей ситуации:
работнику учреждения в мае месяце 2016г. был представлен имущественный вычет в сумме 11997 руб.
Данный вычет мы отразили в строке 90. Налоговая нам говорит что мы занижаем налог.
Подскажите пожалуйста на примере как правильно отразить имущественный вычет.

Представители ФНС совершенно правы. По 90 строке отражаются суммы излишне удержанные, которые возвращены налогоплательщику. Для НДФЛ налоговый период - год, поэтому речь идет об излишне удержанных суммах за прошлые налоговые периоды.
В вашем случае имущественный вычет за 2016г. отражается в строке 30 вместе со всеми вычетами.
Принимая во внимание период, о котором идет речь в Вашем вопросе, предполагаю, что нужно подать уточненные данные за 2 и 3 кварталы 2016г перед подачей отчетности за 2016г.